在和诅咒邪神的终极大战之后，为了能彻底摧毁恶龙军团，守护世界，超变勇者们一起乘上了企鹅战舰抵达一个崭新的城市——新思城。雷奥博士在新思城建造了秘密基地，由瑶瑶操作着中央控制中心，对世界各个角落进行实时监控，一旦发生恶龙军团引发的突发事件就会发出警报，派遣超变勇者出动执行任务。雷奥博士在秘密基地中研制出可以更大地提升超变战神力量的战甲！可以作为大家出动执行任务的座驾同时可以和超变战神进行完美的合体，使超变战神升级为更强大的形态。于是超变勇者和老师们在秘密基地安顿下来，不断训练学习，同时肩负起守护新思城的任务。新的恶龙军团首领乌塔将手下的恶龙幻化成普通人类的模样，无声无息地潜入城市当中，不断制造混乱。同时乌塔也在筹划新的黑暗的计划，企图制造一个具有强大破坏力量的秘密武器，究竟超变勇者是否能阻止城市各个角落的动乱，破坏恶龙军团争霸世界的计划呢？