在高华大学变异的经历总在重演，关于军方通缉的消息亦围绕在脑海，科学家布鲁斯·班纳（爱德华·诺顿 饰）就在这样的梦魇下在巴西一边控制着体内的伽马辐射带来的异常，一边努力和纽约的蓝先生寻求解决办法。在汽水生产厂房的他一日不小心割伤手指，让血滴入了汽水瓶，远销到美国的这瓶汽水暴露了他的行踪。美国军方穷尽能力追捕他，还找来求胜心切的英国霹雳将军埃米尔·布朗斯基（蒂姆·罗斯 饰）。被逼到绝路的布鲁斯变身为绿巨人，埃米尔和其他军人都大吃一惊。为了亲手擒住布鲁斯，埃米尔建议给自己注入可使基因变异的样本。布鲁斯在美国隐匿时遇到旧女友贝蒂·罗斯（丽芙·泰勒 饰），贝蒂义无反顾地站在他一边，同时发现，她拥有令他体内绿巨人安稳的力量。那边埃米尔已经被求胜蒙蔽了眼睛，他的寻衅加上美国军方极度想利用布鲁斯体内异能作为残暴行径的决心，一场大战已经避无可避。