公元2035年，人类被12只猴子军研制的一种病毒侵袭，大部分人类都在这场病毒灾难中死亡，只有少数人侥幸逃生，但也只能在阴暗的地下，苟且偷生。科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历。囚徒詹姆斯·科尔（布鲁斯·威利斯 饰）被挑选为志愿者。阴差阳错，科尔回到了1990年，当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时，被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳·雪莉（玛德琳·斯托 饰）诊断为精神分裂症。科尔在病友杰弗里·戈因斯（布拉德·皮特 饰）帮助下逃脱，回到了未来。因为没查清12只猴子军的来历，科尔再次被派回了1996年。